Mélange d'un scénario de science-fiction et d'une aventure médiévale, la trame principale d'Assassin's Creed alterne entre longues phases en Terre Sainte durant la troisième croisade au XIIe siècle, et courtes séquences dans un XXIe siècle légèrement futuriste, en 2012.
Dans le présent, le héros est retenu dans les laboratoires d'Abstergo Industrie, une entreprise pharmaceutique, qui a également beaucoup d'autres champs d'activités, tant officiels qu'officieux. Selon l'expression d'un des personnages : « Ils sont partout ».
Ces séquences ne permettent qu'une succincte exploration des laboratoires, le visage du monde à ce moment n'est que très peu dévoilé. La technologie présente relève de la science-fiction, la société Abstergo développe le projet Animus, une machine capable de lire et de décoder la mémoire génétique, pour accéder à la mémoire d'un des aïeux de la personne qui se trouve dans la machine, et donc aux souvenirs de cet ancêtre.
Dans le passé, le personnage principal évolue en Palestine à l'époque de la troisième croisade. Il parcourt les villes de Damas, Jérusalem et Saint-Jean-d'Acre telles qu'elles auraient pu être à cette époque. Le personnage jouable dans cette époque vient d'être déchu de son titre au sein de sa confrérie pour n'avoir pas respecté le Credo de l'Assassin (Assassin's Creed en anglais), trois principes que se doivent d'appliquer les membres de l'organisation en toutes circonstances : « Jamais l'épée ne versera le sang d'un innocent. », « L'assassin doit ne faire qu'un avec la foule. » et « Les actes ne doivent jamais compromettre la fraternité. ».
Mêlant personnages fictifs et personnages historiques, le jeu inclut des figures dirigeantes connues comme Garnier de Naplouse, Guillaume de Montferrat ou Robert de Sablé. La troisième croisade qui s'est déroulée de 1189 à 1192 a été menée par trois souverains : Frédéric Barberousse, Philippe Auguste, et Richard Cœur de Lion. Le but de ces expéditions était de reprendre Jérusalem (et la Terre sainte) à Saladin. Cette croisade a eu pour conséquence la reprise de plusieurs ports de la région, et la libre circulation des pèlerins chrétiens à Jérusalem.
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Coïncidences de plus ????...Hmmm,les coïncidences de ce genre n'en sont plus !!
